Институтът по океанология е активен участник в глобалната програма за изследване влиянието на Световния океан върху климата на Земята (Разрези), международните програми "Глобална околна среда" и "Взаимодействие между р. Дунав и северозападната част на Черно море". Развива активно международно сътрудничество с редица водещи световни научни центрове, като:

• Институт по океанология Ширшов (Москва) Русия
  
  
• Уудсхолски океанографски институт, Институт за проучвания (Мистик, Масачузетс) САЩ
  
  
• Национален Океанографски център (Саутхямптън) Великовритания
  
  
• Институт ИФРЕМЕР (Брест) Франция
  
  
• Институт Форел (Женевски университет) Швейцария
  
  
• Институт по кристалография, минералогия и структурна химия (Виена) Австрия
  
  
• Института по морски науки (Ердемли) Турция
  
  
• Институт по морски науки и технологии (Измир) Турция
  
  
• Национален център за морски изследвания (Атина) Гърция
  
  
• Институт по изчислителна математика - РАН (Москва) Русия
  
  
• Институт по геологически науки (Киев) Украйна
  
  
• Фламандски Морски Институт ( Остенде ) - Белгия